Mặc dù cao su fluorosilicone và cao su silicon thông thường thuộc cùng một họ cao su silicon, nhưng chúng có sự khác biệt đáng kể về cấu trúc hóa học và hiệu suất. Cao su fluorosilicone là cao su silicon biến tính được hình thành bằng cách đưa các nguyên tố flo vào trên cơ sở cao su silicon thông thường. Do sự khác biệt về cấu trúc này, cao su fluorosilicone thể hiện một số tính chất đặc biệt.
Trước hết, cao su fluorosilicone có khả năng chịu nhiệt độ cao và thấp tốt hơn và có thể hoạt động ổn định ở nhiệt độ khắc nghiệt từ -60 độ đến +230 độ, trong khi cao su silicon thông thường thường có phạm vi chịu nhiệt độ từ -50 độ đến +200 độ. Thứ hai, cao su fluorosilicone có khả năng chống lại các hóa chất như dầu, nhiên liệu và dung môi tốt hơn nhiều so với cao su silicon thông thường, vì vậy nó được sử dụng rộng rãi trong ngành hàng không vũ trụ, công nghiệp ô tô và công nghiệp hóa chất. Mặc dù cao su silicon thông thường có khả năng chịu nhiệt tuyệt vời, nhưng nó hơi kém về khả năng chống dầu và chống hóa chất. Nó được sử dụng nhiều hơn trong các lĩnh vực điện tử, điện và các lĩnh vực khác đòi hỏi khả năng cách điện, mềm mại và chống chịu thời tiết cao.
Tuy nhiên, chi phí của cao su fluorosilicone cao hơn và quy trình sản xuất phức tạp hơn. Do đó, trong một số trường hợp ứng dụng, cao su silicon thông thường vẫn là lựa chọn kinh tế và thiết thực hơn. Hiểu được sự khác biệt giữa hai vật liệu này có thể giúp các kỹ sư và nhà thiết kế đưa ra lựa chọn tốt nhất cho các ứng dụng khác nhau.